Er zijn verscheidene bacteriën die bij personen met mucoviscidose in de luchtwegen voorkomen. Bacteriële infecties doen de chronische ontstekingsreactie in de luchtwegen toenemen waardoor de beschadiging op de luchtwegen ook toeneemt.
Antibioticumtherapie is een belangrijk middel om de achteruitgang van de longfunctie en de verlittekening van de long te vertragen. Toename van hoesten en slijmen zijn meestal de eerste signalen van een beginnende infectie of het heropflakkeren van een bestaande infectie.
Personen met mucoviscidose vertonen meestal geen plotse koortspieken of tekens van algemeen ziek zijn. De klachten sluimeren en nemen langzaam toe. De episodes met toename van infectietekens (hoesten, meer slijmen, gekleurde slijmen, kortademigheid) dienen snel behandeld te worden met een antibioticum. Zo niet zullen de klachten mogelijks moeilijk onder controle raken en zal er mogelijks een verdere achteruitgang van de longfunctie en de algemene toestand optreden.
Uit een keelwisser of sputum (opgehoest slijm) worden de bacteriën gekweekt en zo kan het juiste antibioticum gekozen worden.
Meestal wordt antibioticumtherapie via de mond gestart voor een periode van 10-14 dagen. Soms wordt therapie gedurende 6 weken of meerdere maanden voorgeschreven. Dit is afhankelijk van de evolutie van symptomen en klachten. Indien er onvoldoende verbetering optreedt of indien de algemene toestand en longfunctie verslechteren, dient medicatie via intraveneuze weg (infuus) toegediend te worden in het ziekenhuis. Ook hier wordt meestal minimaal een behandeling van 10-14 dagen toegediend.
Bij toename van de klachten dient steeds een arts geconsulteerd te worden om tijdig de therapie aan te passen. Een persoon met mucoviscidose zal dus sneller antibioticumtherapie voorgeschreven krijgen dan iemand zonder de aandoening.
Voor sommige bacteriën wordt ook zonder klachten gestart met antibiotica om zo chronische infectie te voorkomen (eradicatietherapie).
Wanneer er sprake is van chronische infectie, kan antibioticum in aerosol gestart worden. Op deze manier wordt een hoge dosis antibioticum rechtstreeks op de plaats van infectie toegediend en worden de nevenwerkingen op de rest van het lichaam vermeden.
Bij patiënten met frequente opstoten van infectie, kan overwogen worden om een lage dosis orale antibiotica in onderhoud te geven, om het aantal opstoten te verminderen. Hiervoor wordt vaak een antibioticum gebruikt, dat ook een ontstekingswerend effect heeft (zoals azitromycine).